Madrasah Tsanawiyah Manahijul Huda Ngagel berdiri pada tanggal 27 Desember 1957. Madrasah ini didirikan diatas tanah wakaf yang diwakafkan oleh beberapa wakif pada waktu itu. Pada awalnya madrasah ini tidak langsung bernama madrasah tsanawiyah, tetapi hanya sebatas pembelajaran ilmu agama Islam dengan menggunakan kitab-kitab salaf/kuning Setelah beberapa tahun muncul sebuah ide untuk mendirikan madrasah tasanawiyah. Dengan didirikanya madrasah tsanawiyah ini akhirnya madrasah diniyah dilaksanakan terpisah, Madin terpisah dengan madrasah tsanawiyah yaitu pada sore hari sedangkan proses kegiatan belajar mengajar Madrasah Tsanawiyah dilaksanakan pada pagi hari. Adapun Ijin operasional Madrasah Tsanawiyah diterbitkan oleh LP Ma’arif Nahdlatul Ulama Kabupaten Pati dengan Piagam Madrasah Nomor ; Wk/5.c/675/Pgm/Ts/1984 tanggal 18 Januari 1984 Oleh Kepala Kantor Departemen Agama Propinsi Jawa Tengah.
Pada tahun 2005 MTs. Manahijul Huda Ngagel di visitasi oleh assessor dari Departemen Agama dengan mendapat peringkat B. Dengan bukti piagam akreditasi B oleh Departemen Agama Propinsi Jawa Tengah dengan Piagam Akreditasi Nomor; Kw.11.4/4/PP.03.2/624.18.21/2005, tanggal 18 April 2005.
Setelah terakreditasi B, MTs. Manahijul Huda Ngagel senantiasa berbenah dan mengevaluasi kebutuhan yang sangat mendesak sekaligus menjadi prioritas utama adalah sarana pembelajaran yang tidak memadai dan kurang representative, khususnya ruang belajar. Akhirnya madrasah mencari dana ke berbagai instansi dan lembaga terkait, alhamdulillah pada tahun 2006 mendapat bantuan dana untuk Pembangunan Ruang Kelas Baru (RKB) dari Departemen Agama Republik Indonesia sebesar Rp. 150.000.000,00 (Seratus lima puluh juta rupiah). Saat bersamaan mendapat bantuan dana Rehabilitasi Ruang Kelas dari Gubernur Jawa Tengah sebesar Rp. 25.000.000,00 (Dua puluh lima juta rupiah). Dengan bantuan ini, madrasah mendatangkan para wali peserta didik, sehingga dana tersebut mampu membangun 2 (dua) lantai dengan jumlah 8 (delapan) ruang kelas, 1 (satu) wc putra dan 1 (satu) wc putri. Adapun 8 ruang kelas tersebut 6 lokal untuk ruang kelas pembelajaran, 1 ruang untuk kantor, dan 1 ruang untuk perpustakaan.
Pada tahun 2007, MTs. Manahijul Huda Ngagel mengajukan permohonan bantuan Komputer ke Departemen Agama Republik Indonesia, akhirnya mendapat bantuan komputer 1 (satu) unit komputer, dan saat itu langsung digunakan untuk kebutuhan Tata Usaha.
Pada tahun 2009, MTs. Manahijul Huda Ngagel mengajukan permohonan dana untuk peningkatan pelayanan belajar mengajar yang kami beri judul Bantuan Peningkatan Managemen Mutu (BPMM), Alhamdulillah dikabulkan dan mendapat bantuan dana untuk kegiatan sebesar Rp. Rp. 60.000.000,00 (enam puluh juta rupiah). Dana tersebut kami gunakan untuk:
- Kegiatan pendalaman Bidang Studi
- Workshop Peningkatan Kompetensi Pembelajaran melalui KTSP
- Workshop Peningkatan Kreatifitas Mengajar Bagi Guru Madrasah
- Peningkatan Sarana Pembelajaran
Kepala Madrasah Tsanawiyah Manahijul Huda Ngagel mengalami 7 masa kepemimpinan. Adapun kepala sekolah pertama yang pernah menjabat yaitu Muhammad Sholeh dan untuk yang terakhir yaitu Ah. Jami’in, S.Pd. dari tahun 2013 – sekarang.